Re:一部を改正する条例に対する修正案

　yatsukaさんがご掲載の記事から

修正案というのは、「〜条例の一部を改正する条例」という条例を修正するかたちをとるようです。
（略）
で、修正で議決されたらどうなるんだろうか。修正後で公布するにしても、議会からの送付は、原案と修正案がセットで来るのか、或るいは議会部局で溶け込ませてくれるのか…。
http://amutagaw.blog.fc2.com/blog-entry-145.html

　議会部局で溶け込ませてくれれば確かに丁寧ですが、地方自治法16条２項に基づく条例の送付に際し、原案が修正された旨とその修正の内容に紛れがない形式であれば、議会部局の職務は果たされるものと考えます。
　yatsukaさんが形容するところの「セットで来る」形式ですね。その場合は、条例の公布時に修正内容を反映させることをお忘れなく。
　ただ、このあたりはローカルルールの余地があると思います。双方が仕事がやりやすいよう協議した方が良いでしょう。
　なお、ご指摘のように一部修正条例を修正する際は「改め文の改め文」を書くのが国会における慣例ですが、このように複雑な技術的な手法について、自治体でどこまで厳密に対処するかは難しいところです。法律案の修正でも衆議院方式と参議院方式があると言うくらいです。
　場合によれば、新旧対照表方式を適宜利用するような検討もされて良いかと思います。